Eftir að hafa komið í veg fyrir fyrri áform Bowser um að giftast Peach prinsessu standa Mario og Luigi nú frammi fyrir nýrri ógn, Bowser yngri. Hann er staðráðinn í að frelsa föður sinn úr prísundinni og endurheimta arfleifð fjölskyldunnar. Ásamt nýjum og gömlum félögum ferðast bræðurnir milli stjarnanna til að stöðva krossferð unga erfingjans.